本院之任務為醫療服務、教學訓練與醫學研究；現為國防醫學院與陽明大學之教學醫院，同時亦接受各公私立醫學院校醫、牙、藥、護、醫技、醫管及其他各醫事與管理職類科系學生來院見習和實習。自79年10月31日開業迄今，提供南部地區榮民、榮眷及一般民眾最佳之醫療服務與照顧，深獲社會大眾一致好評與肯定。
本院願景：精進高榮；名揚天下
宗旨：醫院創設的使命，及追求的核心價值。
五大使命：1.提供優質安全的全人照護
2.培育德術兼優的醫療團隊
3.研發有益人類的生命科技
4.促進區域醫療合作與水準
5.投入國際醫療及衛生活動
四大核心價值：高質服務、雄心創新、榮耀生命、總歸愛心
本院於2015年8月正式設立「人體生物資料庫」，成立的目的是為了收集品質良好的人類生物檢體，並在維護參與者隱私與權益之下，讓研究者有良好管道可以申請使用，以利進行生物與醫療科學方面相關的研究，除了促進醫學發展外，更期待相關研究成果能增進人民健康福祉。自本庫設置以來，總計有20個臨床科部參與收案，分別為:內科、外科、婦女醫學部、兒科、急診、高齡醫學中心、重症醫學部、耳鼻喉頭頸部、眼科部、骨科部、皮膚科等，使本庫得以提供多種疾病類別及多樣化的檢體。其中檢體類型含有血清、血漿、buffy coat、組織、尿液……等。另外，本庫致力推展生物檢體醫學研究之申請應用，開庫至今已完成19件檢體資料釋出案。